Wenn Du einen Funkenschlag erzeugst, entstehen Spannungsspitzen, die empfindliche elektronische Bauteile beschädigen können. Das passiert am häufigsten, wenn der Pluspol der Batterie auf irgendeinem Weg mit der Masse kurzgeschlossen wird, während der Minuspol der Batterie noch angeklemmt ist. (Das ist auch der Grund, warum man immer zuerst den Minuspol abklemmen soll und erst danach den Pluspol.)
Wenn Du eine zweite Batterie parallel zur normalen ins System hängst, damit Du Deine Fahrzeugbatterie abklemmen kannst, ohne die Spannung im Fahrzeug zu verlieren, besteht während des gesamten Hantierens mit den Batteriekabeln die Gefahr, dass z. B. die abmontierte Anschlussschelle des Pluspols irgendeine blanke Mutter berührt und somit mit dem Strom der zweiten Batterie den fatalen Kurzschluss erzeugt. Deshalb würde ich an Deiner Stelle den Jump Starter an die entsprechende Klemme im Sicherungskasten und an einen Massepunkt im Motorraum anklemmen, dann die beiden Batterieklemmen an der Hauptbatterie lösen und den Pluspol sofort sichern, indem ich ihn z. B. in einen Plastiksack stecke und diesen mit Klebeband am Kabel fixiere. Solange da nichts durchscheuert, wird die Isolation ausreichen, damit Du in Ruhe die Batterie tauschen kannst, die Klemmen an der neuen Batterie befestigst, und Deinen Jump Starter wieder abklemmst.